例によって例のごとくぐだぐだした前置き 2010-05-07 - bak_a_monoの日記の続き、生命動態システム科学二日目のめもです。前置きもそちら参照でw
不参加です...
物質科学；マルチスケール階層アプローチ 分子や集合体の基礎方程式 シュレーディンガー方程式 diracの予言 複雑過ぎて解ける望みのない方程式に行き着いてしまう事である コンピュータによって何とかなった コンピュータの発展と電子状態計算 top500topの速…
計算機シミュレーションと生物学 活躍出来る対象；非線形非平衡非可積分複雑他界層 生命システムの特徴；階層複雑多様非線形非平衡 本来やりやすい モデル不在不完全、定量化の進展で対象増加 過去半世紀の計算機の発展 次世代スパコン 次世代生命体統合シミ…
複雑系生命科学 部分と全体が互いに影響し合うシステムの研究 当初から構成的 生命とは何か、を定量的に定式化して答える時 普遍的に見られる現象の、階層をまたがる動態 階層間の相互作用が多い 分子細胞多細胞個体生態系 構成的生物学 vs synthetic biolog…
dbの意義 ゲノム、タンパク構造、発現、相互作用、.... データだけでなく知識、手法、検索、解析ツール込み 研究のインフラ 研究の目的はデータベース作りだ! データベース生物学のこころ インフラ＆フロンティア そうすると、戦略を立てられるし、再利用可…
シグナルpropagation from local to global ex. taichu probe rasの活性をリアルタイムで見れる egfとレセプター、下流を見れるように localとglobal 局所的な結合が，globalに非依存的な結合を引き起こす、という報告 overexpressionに伴う問題->下流の分子…
システムと分子 / 生物らしい分子機構 システムの階層性 タンパク分子を引っ張って折りたたみを壊す力を調べる 分子間力顕微鏡による力ー伸張曲線 イベントが確率的に現れる 中間構造をシミュレーションで 経路自体が確率的 エネルギー地形も確率的 構築要素…
ダイナミックな形態の変化を追っていた 現象は分かるけど、分子変化は? 可能なら役に立つ道具に MSでやろうとすると、感度が足りない 10umm 1plm 1amolしかない 質量分析は分子のイオン化が鍵 ナノスプレーイオン化法 やってみると スペクトルの差はあった …
21世紀はバイオの時代 理化学機器では「２番手じゃ」だめなんですw 後追いは開発コストがかかるが、日本では他で話題になったものばかり シーケンサー開発の流れ 大容量でランニングコストの安いもの 小型で安いもの これまでのデータは多くの細胞から得た平…
生命科学の進展 主に要素の研究であった 進化した新しいシステムバイオロジー 現在のシステムバイオロジー、OMICS解析など 次世代のシステム科学 生命動態システム科学、ダイナミックモデルを作り、予測・デザインを行う 何故今か 定量計測の進展 計算技術 …
事業仕分けと政府の成長戦略について
(生命動態システム科学については?)ライフサイエンス委員会でも議論があった 金澤先生が総論だったのでこちらは各論で LTPと記憶 (抜け部分)*1 それだけではない 報酬と忌避の選択 記憶だけでなく、空腹度合いなど総合的に決まる-> システムの理解 サザラン…
background ゲノムも解読された 次世代の解析 従来のバイオ、では収まらない 全体の解析 日本学術会議の動き ライフイノベーション、グリーンイノベーション ライフサイエンスがこれを支える ブレーンストーミングの会としても有意義であって欲しい
例によって例のごとくぐだぐだした前置き 以前 http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100211/ のエントリをあげましたが、「生命動態システム科学」シンポジウム 概要に行ってきたので、メモを最小限の編集でup。macbookの電池が怖かったので、macbookを眠ら…
日経社説 http://bit.ly/co39Wr 仕分けで浮き彫り 司令塔なき科学政策 via http://twitter.com/enodon/status/13034750733 どう考えても科学だけぢゃない＞司令塔がない 予算見たら、農業国家にしたいのか土建国家にしたいのか、それとも科学技術立国にした…
cranに登録されている、bigmemory()というモジュールがある。とりあえずずぼらかまして、 library(bigmemory) # data <- read.delim(inFile, header=T) data <- as.big.matrix(as.matrix(read.delim(inFile, header=T))) とかscriptに埋め込んでみたが落ちて…
のんびりと到達。
仕分け 4法人8事業を「廃止」 魚拓 元記事 よくわからないのだけど、ここで廃止と決まったら何がどうなるんだろう。日本国以外のスポンサーが居たら、廃止と決めても勝手に存続しそうなものだが。
しばらく前(http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100104/1262622890) lapackをatlas使ってコンパイルし直しても、あまり早くならない、という話があるので、普通にlapack+atlas入れて、その後でpython+numpy(+scipy+matplotlib)、Rを入れるということで考え…
前回(http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100409/1270830584)、 CentOS4環境には、わざわざ探さない限りcairoは入ってない＞＜ cairoをソースから入れようとして、ちゃんとドキュメント読まなくて挫折。 で。 yum search か何かで調べたところ、evolution28…
仕事で作っているコードの一つに、与えられたファイルの中にあるサンプルの、全ての組み合わせに対して散布図を描く、というのがあるのだけど、最近サンプルが非常に多いデータが来て、メモリ足りなくて転けるわ時間かかるわで、もうさんざんw メモリは余計…
中核の汎用コアで、コードの多くを実行して、一部のコードをサブコアにダウンロードするという発想と見られるからだ。もしかすると、SCEも、そうした方向へと軌道修正を考え始めたのかもしれない。だとしたら、その方向性は、PCのCPUが向かっている方向と、…
マウス亜種の地理的分布 マウスと栽培小麦は、三日月地帯から分布したと考えられてる 日本の野生マウスは、ハイブリッドらしい 亜種分化と純系の樹立 C57BL/6JとMSM/Ms MSM/Ms F90! MSM/Ms系統のwhole genome SNP detection coverrage 99% result 11M SNP 13…
rRNAによる系統樹 3ドメイン 単細胞のものが多い 集合体は他のドメインにあるけど、多細胞は真核生物に 真核原生生物にも虫、という漢字が付くことがw 動物、植物、真菌の多細胞化 植物の、動物の、真菌の単細胞から多細胞生物が? 立襟鞭毛虫の系統的位置 多…
硬骨魚類の系統関係 ゼブラフィッシュ、メダカ、トラフグ フグのsequencing はトラフグが最初、けど、実験には小型魚類 小型魚類の実験系 脊椎動物 ヒトと同じ基本体制 小型で飼育しやすい 世代が短い 多産で解析しやすい 母体外で発生、胚が透明 日本人とメ…
オリゼー もやしもん (種麹) 麹菌ゲノム研究の重要性 発酵 有用酵素生産 組み替えによる有用タンパク生産宿主 毒性のある近縁種との比較も有用性が a.oryzae genome 30% more many metabolic gene overview of response-transcribe-translation 液体培養から…
微生物と生物現象 炭素循環模式図 環境汚染物質 bioremediation 下水処理 汚水処理 棲息細菌をそのまま利用 栄養素を注入 バイオスティミレーションが有効なのはなぜ? 単離菌の強い分解活性が生きてない 予想外の菌株が主役になってたりする 協調? 難培養菌 …
既にいろんな環境が読まれている 常在菌叢 腸内細菌の研究方法 嫌気培養 16s rRNA による系統解析、 菌種はわかってそそれ以上が分からない、もしくは、培養によるバイアス 腸内細菌に多い遺伝子群 意外と機能が分かっているものが多い 個人差 大きい! 夫婦…
