R, mem.limits(), and library(bigmemory)

cranに登録されている、bigmemory()というモジュールがある。とりあえずずぼらかまして、

library(bigmemory)
# data <- read.delim(inFile, header=T)
data <- as.big.matrix(as.matrix(read.delim(inFile, header=T)))

とかscriptに埋め込んでみたが落ちてしまった。このときmem.limits()を見てみたら、

> mem.limits()
    nsize     vsize
       NA        NA

とかなっていたので、Rのコマンドに引数付けて、メモリ使用量等設定して筈やってみた。

% time $HOME/bin/R --max-vsize=14G --max-nsize=100M --args $DIR $TYPE $PREFIX < code.R &> $PREFIX_code.log

topで見てたらあっさり14G超えたよorz、即kill -kill $PID # ＞＜
仕方ないのでもう少し確認してみる。

% time $HOME/bin/R --max-vsize=14G --max-nsize=100M --args $DIR $TYPE $PREFIX

> mem.limits()
    nsize     vsize
104857600        NA

ん?

> mem.limits(vsize=14G)
Error: unexpected symbol in "mem.limits(vsize=14G"

ん??

> mem.limits(vsize=14000000000)
    nsize     vsize
104857600        NA
Warning message:
In structure(.Internal(mem.limits(as.integer(nsize), as.integer(vsize))),  :
  NAs introduced by coercion
> mem.limits()
    nsize     vsize
104857600        NA

...orz ＞NAs introduced by coercion
にゃんで＞＜

仕方ないので

再度library(bigmemory)でなんとかしてみる。

data <- as.big.matrix(as.matrix(read.delim(inFile, header=T)), ..., backingpath = backingDir, )

などとごにょごにょしてみたが、そもそもbackingfileの所に何も出来ないだと...!
もう一回試してみる必要があるにゃ＞＜