R/BioC
cranに登録されている、bigmemory()というモジュールがある。とりあえずずぼらかまして、 library(bigmemory) # data <- read.delim(inFile, header=T) data <- as.big.matrix(as.matrix(read.delim(inFile, header=T))) とかscriptに埋め込んでみたが落ちて…
しばらく前(http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100104/1262622890) lapackをatlas使ってコンパイルし直しても、あまり早くならない、という話があるので、普通にlapack+atlas入れて、その後でpython+numpy(+scipy+matplotlib)、Rを入れるということで考え…
前回(http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100409/1270830584)、 CentOS4環境には、わざわざ探さない限りcairoは入ってない＞＜ cairoをソースから入れようとして、ちゃんとドキュメント読まなくて挫折。 で。 yum search か何かで調べたところ、evolution28…
仕事で作っているコードの一つに、与えられたファイルの中にあるサンプルの、全ての組み合わせに対して散布図を描く、というのがあるのだけど、最近サンプルが非常に多いデータが来て、メモリ足りなくて転けるわ時間かかるわで、もうさんざんw メモリは余計…
もうでてたのか*1。サーバに突っ込んだRはspearmanのバグを考えて2.7.2にしてたのだが、これにXMLパッケージを入れようとして入らなかったのはそのせい...? *1:TLでみたような記憶もあるw
CPANだと、perl -MCPAN -e shellした後でi /statistics::basic/とかして探すけど、cranだとどうやるんだろ。 用例に良く出てくるのは、パッケージが決まってる場合だからな...
id:dakiyamaさんのエントリ「http://d.hatena.ne.jp/dakiyama/20081002/1222927184」から。 Rからhtml出力 １）xtableパッケージのxtable関数を使う方法 ２）annotateパッケージのhtmlpage関数を使う方法 ３）hwriteパッケージを使う方法 その他にもRにはR2H…
URLを聞いたことがなかった... http://prs.ism.ac.jp/bioc/らしい*1。 *1:via http://prs.ism.ac.jp/~nakama/BioC1.9/readme.html
なのだけど、気になってることが1点。/ but here I have a question. apply()とか、内部的にmmxなりsseなり使ってるのだろうか? / within the R, will apply() or other vector function use mmx or sse? 倍精度ないから、無理ナンデスカ...? / or sse is no…
ターミナルとGUI ちらっとsqueak触ったせいか、コードを書いて、マウスで選択して、選択範囲だけ実行、というのが結構やり易いのがよくわかる。ヲレ的には、Rを学ぶならRgui使った方がしっくりくるかも。 統計英語がわからん!! 教えてくれる人がまだ帰宅して…
検定する必要があるのだが、上司としては、カイ二乗検定でなく２項検定してほしいっぽい。 ところが、perlに2項検定のモジュールってないっぽい。 まあ、Rでやるか…
久しぶりにRを起動する。と、すっかり書き方忘れてた…。 あっちみたりこっち見たりして、かろうじて目的を達成する。 だって、localのRHEL3だとRcommanderがこけるとかいろいろあって、使う意思が減退してたんだもの… [ヲレのバカ]そのうえ せっかく買った"…
11/13に2chで評判のいいものを抜粋したけど、結局「Rで学ぶクラスタ解析」になった。最初に、最低限以下の事に絞ってRの書き方について書いてあるので、たまにRを使う人にはコレがよさ気。「The R Book」(日本人が書いてるほう)は古本で用意してるし「統計解…
前後して、BioCを解説した本が2冊刊行されたが、片方が届いた。「統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 − Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング」の方。…ヲレ今週から来週にかけて、時間取れそうな気がしないのだけど。
2chで何冊かは語られていた。 46 ：１３２人目の素数さん：2006/10/04(水) 09:02:58 Amazon で入門書をあさってたら、ヨサゲなのを3っつほど見つけたんですけど、 どんなモンなんでしょ?読まれた方いらっしゃいます? 『データ解析環境「R」―定番フリーソフト…
最近はR言語本が「雨後のたけのこ」状態。どの本がいいのか判らんぞこれ。 ということで、何がいいのか教えて欲しい気分。 bioinformatics-jpに投げてみるのがいいかもしれない。
某はてなリングで話題のmogr本を、訳者の一人のK師にお願いする。和訳待ってて良かった、amazonJPで買う英語原著よりだいぶ安い!! おまけ amazonJPで"バイオインフォマティクス"と引くとでてくるスポンサーリンクにIMGC2007って出てるのだけど、いくらでスポ…
なんかもうしばらくかかるっぽい。まあ仕方あるまい。
職場で少し空き時間があったので、適当にキーワード探りながらぐぐってみた。 仮title: 「R と BioConductor を用いたバイオインフォマティクス」 出版社: シュプリンガージャパン という辺りはどうやら決定っぽい。 …情報出ないわけだ、シュプリンガーのサ…
