memo
以前からあちこちからscm使え使えと進められてたにもかかわらず、ずっとサボっていたのですが、ついに。scm使うならgitかなあ、と思ってたところ、mercurialが急浮上してきた。友人がgitとmercurialならmercurialだよ、とつぶやいてて、ウチのボス向けにmerc…
友人のblogが、楽天以外禁止設定になっとった。せめてopenIDにしてくれwww＞楽天
マニアックなtogetterまとめ いくつか某idでtogetterまとめを作っているのだけど、マニアックなネタでコンスタントにpv稼げてたりとか、もっとマニアックと思いきや2000pv以上行って焦ったりとか。 目利き? http://business.nikkeibp.co.jp/article/tech/201…
MacBook Air 11インチ欲しい！、です。
日経web版に出てた記事をみて「あれっ」と思ったので; 記事そのものでなく、その中で使われてる用語の誤解なのだけど。 テクノロジー : 日経電子版から、 キュレーションに明確な定義はないが、「情報をあるテーマに基づいて収集し、それ自体にコンテンツと…
「http://www.ne.jp/asahi/comp/tarusan/index.html」を久しぶりに見て*1、最新記事「http://www.ne.jp/asahi/comp/tarusan/main230.htm」にちょっと思うところが。 intel、hyper threading(以下HT)を復活させたけど、HTをonにしたら、トータルでの性能が落…
職場内製のtranscriptomeなデータを某生物種のゲノムにマッピングして、refGeneでアノテーション付けてみる。と。全然アノテーションがつかない。あれっと思ってrefGeneテーブルの中身を見てみると、1000行そこそこしかない感じ。 ひょとして、キュレーショ…
今までのよりメモリが載ったPCクラスタを使いだした。メモリがあるから、ということで、1nodeで処理するjobの数を増やしてみた。 ...ノードでtop取ってみたら、数秒に一回io waitかかりまくってcpu usageがあまり上がらないorz やっぱIO大事だなー、と思った…
xfs with lvm + nfs on centos xfsがカーネルスタックを使いすぎて、lvmやnfsと組み合わせて使えないから、redhatがbaseから外している、という話を聞く。 ...ウチのnfsサーバ、何でまともに動いてるんだろう...カーネルスタック大きくしたカーネルに入れ替…
なんとなく気になって、レヴィ＝ストロースの解説をちらちらと読み返してて気付く。 network解析で見てるのって、構造主義でいう構造なんぢゃないのかなと。 日本語版wikipediaにはなかったけど、英語版にはsocial networkとのかかわりを書いてあって納得し…
今使ってるクラスタのGridEngineをAPI経由で呼んだ場合の挙動がなんかおかしいっぽい。 状況 1.某パイプラインの実行時にuseSGE=Tureを付けて呼んだ場合 2.某パイプラインの旧バージョンに含まれるmapperを、drmma4rubyを含むrakeから呼んだ場合 結果 投入jo…
眼低手低が怖い今日この頃。 …眼中手中、という言葉を思い付いて、何ごともほどほどが一番なのか、強みを持った方が良いのかわからなくなるなどしたw
ということで、rubyの本を引っ張りだしてきてる今日この頃。
/までと、index.html付きがあるのに気づいた。後者経由で、id:hisaom さんの生命動態システム科学にかんする良エントリを知った。そちらもぜひご覧ください。後日感想エントリあげる事になるかな。
例によって例のごとくぐだぐだした前置き 2010-05-07 - bak_a_monoの日記の続き、生命動態システム科学二日目のめもです。前置きもそちら参照でw
例によって例のごとくぐだぐだした前置き 以前 http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100211/ のエントリをあげましたが、「生命動態システム科学」シンポジウム 概要に行ってきたので、メモを最小限の編集でup。macbookの電池が怖かったので、macbookを眠ら…
日経社説 http://bit.ly/co39Wr 仕分けで浮き彫り 司令塔なき科学政策 via http://twitter.com/enodon/status/13034750733 どう考えても科学だけぢゃない＞司令塔がない 予算見たら、農業国家にしたいのか土建国家にしたいのか、それとも科学技術立国にした…
cranに登録されている、bigmemory()というモジュールがある。とりあえずずぼらかまして、 library(bigmemory) # data <- read.delim(inFile, header=T) data <- as.big.matrix(as.matrix(read.delim(inFile, header=T))) とかscriptに埋め込んでみたが落ちて…
のんびりと到達。
仕分け 4法人8事業を「廃止」 魚拓 元記事 よくわからないのだけど、ここで廃止と決まったら何がどうなるんだろう。日本国以外のスポンサーが居たら、廃止と決めても勝手に存続しそうなものだが。
しばらく前(http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100104/1262622890) lapackをatlas使ってコンパイルし直しても、あまり早くならない、という話があるので、普通にlapack+atlas入れて、その後でpython+numpy(+scipy+matplotlib)、Rを入れるということで考え…
前回(http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100409/1270830584)、 CentOS4環境には、わざわざ探さない限りcairoは入ってない＞＜ cairoをソースから入れようとして、ちゃんとドキュメント読まなくて挫折。 で。 yum search か何かで調べたところ、evolution28…
仕事で作っているコードの一つに、与えられたファイルの中にあるサンプルの、全ての組み合わせに対して散布図を描く、というのがあるのだけど、最近サンプルが非常に多いデータが来て、メモリ足りなくて転けるわ時間かかるわで、もうさんざんw メモリは余計…
中核の汎用コアで、コードの多くを実行して、一部のコードをサブコアにダウンロードするという発想と見られるからだ。もしかすると、SCEも、そうした方向へと軌道修正を考え始めたのかもしれない。だとしたら、その方向性は、PCのCPUが向かっている方向と、…
ちなみに二日目の参加予定はありません... 100208 申し込んだつもりが 最後の登録ボタンを押し忘れてたっぽく、申し込みしたつもりなのに登録確認メールも何もこなかった。申し込み閉め切ってるのを見て「登録されてますかー」「登録されてませんねー、当日…
先日リリースしたコードの内部版に、さらにでかいdataを喰わせて見たところ、処理に1週間ほど掛かってしまう事が判明。パイプラインの次の処理をするperlスクリプトに至っては、メモリを使い果たして落ちてしまった。 で、どこで時間喰ってるか調べようとし…
どんなmoduleにたずねたらいいんだろ。 処理に使ってるマシンに共通に入ってるのは、XML::TreePP。 $tpp -> parse($file); とかやったときに、おかしいxmlを食わせるといきなり落ちてしまう... どうしたらいいのかちょっと調べんといかん＞＜
英語版のXPにサクラエディタ入れようとしたら、インストーラー文字化け＋エラーで落ちる、バイナリそのままだとメニュー等々の文字化けがひどい。 ...このあたり、いまやwindowsが一番遅れた環境になってしまってる気がするw 実際のところ、どうなんでしょう…
windowsの方は端末+excelマシンなのでdiskが足りなかろうがあまり気にしてなかったのだけど、workstationの方のdisk usageを見て驚いた。いつの間にか0.5Tをほとんど使い切ってたんだヲレ＞＜
調べてるうちに、resource description frameworkがやっとちょっとだけ判った気がする。 rdf自体がoverheadだと思うのだけど、その上rdfsがあるわけか。ちょっと複雑すぎると思う、さすがに。この辺り、meta dataの扱いに詳しい人にそのうち聞く機会があれば…
