なにこのmotherfackingな状況。 …頭抱えるより手動かした方が早いか… 12月の3連休直前ぐらいに、ここでいうmotherfackingな状況は脱しました。ふう。

Pen4Xeon3GHzで1日半かかって、Opteron2.4Ghzで30秒で終わるってどういうことよ。 Pen4Zeonなマシンは古い鳥が入ってるので、そのせいにちがいない… さらにJ師の協力で、sortコマンドが下手したらperlスクリプトよりも遅いことが判る。こんなん、ハードウェ…

でてきたけど、めんどくさくなったので一言にまとめます。 「中の人は、多分そんなにあほじゃない」

最近日本語が変。どぉしたものやら。

自宅のiMacG4は800MHzなので諦めます。寿命まで10.4か… # 利用価値が残ってるのに10.4のsecurity fixがなくなったらどぉすっかな。

前後して、BioCを解説した本が2冊刊行されたが、片方が届いた。「統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 − Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング」の方。…ヲレ今週から来週にかけて、時間取れそうな気がしないのだけど。

「あわせて読みたい」にperfumeが出てくるの、なぜだろう。ヲレ、そんなエントリ書いてないんだけど…

頂きました。約9か月。…ほとんどはクローラな気がするけど。

sortコマンドでtab区切りテキストを行うのは、id:dancing_infobioさんのエントリ/コメントにあるとおりctrl-vで出来るのだが、これってperlのsystemコマンドとかスクリプトの中からはどうやるんだろう。 …やってみたら出来たのだが… Pen4Xeon３GHzで1日半か…

2chで何冊かは語られていた。 46 ：１３２人目の素数さん：2006/10/04(水) 09:02:58 Amazon で入門書をあさってたら、ヨサゲなのを3っつほど見つけたんですけど、 どんなモンなんでしょ?読まれた方いらっしゃいます? 『データ解析環境「R」―定番フリーソフト…

最近はR言語本が「雨後のたけのこ」状態。どの本がいいのか判らんぞこれ。 ということで、何がいいのか教えて欲しい気分。 bioinformatics-jpに投げてみるのがいいかもしれない。

UCSCにliftoverというツールがあるが、「異なる生物種間での変換はお勧めしない」と事あるごとに出てくる。しかもパラメータ変えて実行すると、セグメンテーションフォルト。 上記はx86-64版をRHEL3/CentOS4で動かしたときに出る。i386版にかえるとすんなり…

この程度のエントリにはてなスター頂くなんてありえへん、とか思いつつ、せっかく頂いたので書ける情報を書いてみる。 Uniprot/{swissprot/tremble}の転写物情報 genbankなmRNAに対して、どのaccessionがnoncodingかとかどれが端読みか、というのをごそっと…

いつの間にかページがなくなったらしく、タイトルが表示されてない。しまった、魚拓とっとけばよかった…

元ネタはITMedia Yahoo！JAPANで「初音ミク」を画像検索すると「次の条件に一致する情報は見つかりませんでした。検索キーワード：初音ミク」と表示される。 Googleで画像検索すると、おなじみの初音ミクイラストは見当たらず、無関係な画像が多数表示される…

逆輸入した動画に、[nicovideo]タグつける、というルールはないんだ…。 あ、[ニコニコ]があるみたいだけど、付いてないのがすごく多い…。 ということで ヘビーローテーションが「ふたりのもじぴったん」

gmailでスポンサーリンクにこんなのhttp://www.appliedbiosystems.co.jp/website/jp/event/eventpage.jsp?EVENTCD=106793現れた。当分ヲレが手を動かすことはなさそうだけど、行ってみたいのは行ってみたい。

あ、ライフサイエンス特集やってた。

たまたまyahoo.comのトップページに行くと、"Featured"として"Creating life from scratch"とか出てきた。 クリックすると、http://news.yahoo.com/s/ap/20070820/ap_on_sc/artificial_lifeなる記事が。 時々"synthetic biology"(合成生物学)について聞くこ…

MAGI懐かしい。blue gene入れた後は、そっちをメインで使ってるのだと思ってましたが、core数がこれだけあってblue geneのコア数削られてると、そうも行かんのでしょうな。 以下思い出話ということで。 job管理システム 使いませんでした。それどころか、プ…

the strongest storm I've ever seen actually, the closest thunder I've ever seen, comes to western area of Yokohama, so the lesser than 1 minutes, electric power stopped, twice or third in my room... so, storm it own, will come, but such a …

コレを最初に聞いたときに感じた「キショ」が何なのか、思い当たったのでmemo。 マークがついてたら求職中なら マークのない奴へのアプローチは自粛しろ?引き抜き困る?いつまで寝言言ってるんだ。 もちろん このエントリーは闇雲な転職を勧めているわけでは…

シンテニー領域を取り出すツール シンテニーという言葉はしばしば聞くが、実際にあーやってこーやって、というチュートリアルを見たことがない。バイオインフォな本も何冊か持っているが、そっちにもない。 UCSCにliftoverというツールがあるが、「異なる生…

500個程なら大丈夫だろうという事で、embossのinfoseqで配列に関する情報を取ろうと思った。が、そのままやると、あとでウチの組織ごとアク禁くらいかねない。適当にインターバル空ければいい筈なのだが、何秒空けたらいいか、どこ調べても判らない…。

はてダ市民になってた。ということで、キーワード"Bioconductor"作ってみた。 最初大文字でも小文字でもいけるのね。

genbankなmRNAに対して、どのaccessionがnoncodingかとかどれが端読みか、というのをごそっと調べてくる方法、ないのかねえ。どうしたものだか。 まあ 方法があったところで、データがでかいから扱うの大変なわけだが。 おまけ ということで、「はてなTシャ…

某はてなリングで話題のmogr本を、訳者の一人のK師にお願いする。和訳待ってて良かった、amazonJPで買う英語原著よりだいぶ安い!! おまけ amazonJPで"バイオインフォマティクス"と引くとでてくるスポンサーリンクにIMGC2007って出てるのだけど、いくらでスポ…

元ネタはこちら。 http://wiredvision.jp/news/200707/2007070422.html 先にほめる 元ネタとして、きちんとPlos Geneticsの当該記事へリンクが張ってある。マスコミ情報だとそのあたり探しなおす必要が出てくるので、ちゃんとソースへたどれるのは嬉しい。 …

ちょっと書籍を調べているうちに、ハイパーカードについて記載されてるページに出くわした( during the seeking about the computer books , I found the site of "HyperCard")。でくわしたのは、ここ。 http://www.kanzaki.com/hc/ 昔、(in college days, )…

memoと書いてるエントリを、正式版にする日は来るのだろうか…