bio
職場内製のtranscriptomeなデータを某生物種のゲノムにマッピングして、refGeneでアノテーション付けてみる。と。全然アノテーションがつかない。あれっと思ってrefGeneテーブルの中身を見てみると、1000行そこそこしかない感じ。 ひょとして、キュレーショ…
例によって例のごとくぐだぐだした前置き 2010-05-07 - bak_a_monoの日記の続き、生命動態システム科学二日目のめもです。前置きもそちら参照でw
例によって例のごとくぐだぐだした前置き 以前 http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100211/ のエントリをあげましたが、「生命動態システム科学」シンポジウム 概要に行ってきたので、メモを最小限の編集でup。macbookの電池が怖かったので、macbookを眠ら…
ちなみに二日目の参加予定はありません... 100208 申し込んだつもりが 最後の登録ボタンを押し忘れてたっぽく、申し込みしたつもりなのに登録確認メールも何もこなかった。申し込み閉め切ってるのを見て「登録されてますかー」「登録されてませんねー、当日…
昨日のエントリで 結構シーケンシングエラーが多いのよね... (中略) 一方でSNPがどんどん探されてきてるので、マルチマップの扱いが以前より難しくなってきてるのだなという感想を持っています。 というあたりをもう少し。マルチマップということはmappingさ…
某di-tag seqで、ゲノムの複数箇所にマップされる配列が頻出->tagを長くしよう、とか、某アレイのプローブがゲノムの複数箇所にマップされる->長いプローブのアレイを使おう、とか言う流れだと思ってたのだけど、ucscがゲノムにマッピングしたrefseqの一部で…
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20080902-00000182-jij-soci うぎゃ(笑)乗ってるのPNASか...近いうちに取ってこよう(笑) 2倍で有意ってことは、率としてはあんまり多くないんだろうな、とか思いつつ、メモ。 テクニカルメモ Symbol: AVPR1A EntrezGeneID…
発想は分かり易いけど、誤解を招くぞ。AVPR1Aを持ってる人が離婚する、って遺伝子じゃないんだから(笑)、このネーミングはないだろ...orz 追加情報 1.ええと、ざっくり読み過ぎてるんだけど、どうにもプロモータ領域の多型、って書いてないかなコレ。離婚遺…
五右衛門が馬車に便乗して着くシーンがあった。ふと思った。...バイオ燃料と馬、どっちが効率いいんだろ...!? # もちろん、効率の定義によるわけですがw
eTocをみてて、ガンにおけるPPIのかく乱、とかいう論文がBMC.Sys.Biol.に出たのを見付けた。 論文自体は未読。 が、タイトルを見て考え込んでしまう。 このタイトルの事柄をまじめにやるなら、何を見たら(測定したら)出来るんだろう。 考えれば考えるほど分…
ターミナルとGUI ちらっとsqueak触ったせいか、コードを書いて、マウスで選択して、選択範囲だけ実行、というのが結構やり易いのがよくわかる。ヲレ的には、Rを学ぶならRgui使った方がしっくりくるかも。 統計英語がわからん!! 教えてくれる人がまだ帰宅して…
検定する必要があるのだが、上司としては、カイ二乗検定でなく２項検定してほしいっぽい。 ところが、perlに2項検定のモジュールってないっぽい。 まあ、Rでやるか…
久しぶりにRを起動する。と、すっかり書き方忘れてた…。 あっちみたりこっち見たりして、かろうじて目的を達成する。 だって、localのRHEL3だとRcommanderがこけるとかいろいろあって、使う意思が減退してたんだもの… [ヲレのバカ]そのうえ せっかく買った"…
いや、単に言葉の話。 どっちが多いのかなと思って検索してみると、少なくともはてな内では転写産物の方がずっと多いっぽい。 今まで、転写物、だけ使ってた。 id:Yunokawa氏が偉大なのか、それとも漏れのずぼら好きのせいか、というところ。
日経サイエンスのnewsで読んでびっくり。 ところで、少し前から不思議だったのは、これとSNPのかかわり。 コピー間でmutationの入り方が違ったりしないのかねぇ。 コピー間で、どない発現制御してるのかとか、凄く不思議。 掲載誌と著者までは日経サイエンス…
3.0になるらしい。今はまだBetaなので、ここからまだ機能が増えていく、らしい。
転写物のマッピングデータとして、ucscなデータ*1をMySQLに突っ込んでみたのだが。 …なんでall_mrnaテーブルとrefGeneテーブルのスキーマがあんなに違うんだー!!クエリ書きにくいじゃないか!!バカヤロー!! *1:ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg18…
先日まで、職場でblastしてたのだが、こんな事もあるのね、というのをいくつか。 1プロセス4Gでは足りない ある日出勤すると、クラスタのノードが死んでた。クラスタの管理者に聞くと、他のノードを再起動して来たところだと言う。あらあら、やっちまった。…
前日夜 はてなリングBIな人が、行った記事を上げてる…。 初上野。 田舎もんじゃけんのう。 日本館で、 前後を回ってた女の子二人組な会話が面白かった。科博に誰かと行くって想像してなかったけど、いいなあ。 11時に入館 したのは大間違い。新館の半分、3フ…
ヲレには東大を擁護する理由はないのだが… これらのコストの内、open accessのコストを抜いて生産性を比べたらどぉなるんだろう。
mixi::生命科学コミュ経由。バイオインフォマティクスもありな交流会。 http://seikawakatekanto.hp.infoseek.co.jp/ATGC/ …基本的にB4M2D3で、基本的に発表か… 今やってる事って勝手に外部発表出来んから、見送るしかないか… # 行きたい理由は、一度箱根に…
id:Hash氏の解説でやっと判った。THXです>>Hash氏。 利己的遺伝子（の一つトランスポゾン*2）を使って、本質的に重要な遺伝子と不要な遺伝子を分けたらしい。 あちゃ、これ見落としてたのは痛い。といっても、今日の夕方投げたメール書いた後でないと、気付…
いつの間にかページがなくなったらしく、タイトルが表示されてない。しまった、魚拓とっとけばよかった…
gmailでスポンサーリンクにこんなのhttp://www.appliedbiosystems.co.jp/website/jp/event/eventpage.jsp?EVENTCD=106793現れた。当分ヲレが手を動かすことはなさそうだけど、行ってみたいのは行ってみたい。
あ、ライフサイエンス特集やってた。
たまたまyahoo.comのトップページに行くと、"Featured"として"Creating life from scratch"とか出てきた。 クリックすると、http://news.yahoo.com/s/ap/20070820/ap_on_sc/artificial_lifeなる記事が。 時々"synthetic biology"(合成生物学)について聞くこ…
元ネタはこちら。 http://wiredvision.jp/news/200707/2007070422.html 先にほめる 元ネタとして、きちんとPlos Geneticsの当該記事へリンクが張ってある。マスコミ情報だとそのあたり探しなおす必要が出てくるので、ちゃんとソースへたどれるのは嬉しい。 …
