comp
先日購入したTx100 s3p、一応cpu内蔵gpuがあるので使いたいなと思いきや、sdkで悩まされてます。…情報がにゃいorz
十分安かった*1ので、ついつい…堪えてたのに… というコトで、4月頭ぐらいに届きました。 OSを何にしようかしばらく悩んだのですが、ひとまずubuntuを入れたところ、GUIがクラッシュするほど重く、最終的にmintに落ち着きました。 ほぼにゃんでも、apt-getで…
以前からあちこちからscm使え使えと進められてたにもかかわらず、ずっとサボっていたのですが、ついに。scm使うならgitかなあ、と思ってたところ、mercurialが急浮上してきた。友人がgitとmercurialならmercurialだよ、とつぶやいてて、ウチのボス向けにmerc…
時間が少し空いたので、久しぶりにphpでも、と思ったらドハマりorz. mysqlとphpが入ってるのを確認、mysqldを起こしたり、apacheのconf触ったりして使えるように。 DDLもすっかり忘れてたので、dev.mysql.comのマニュアル見つつ、dbとtableを。 phpinfo()でp…
「http://www.ne.jp/asahi/comp/tarusan/index.html」を久しぶりに見て*1、最新記事「http://www.ne.jp/asahi/comp/tarusan/main230.htm」にちょっと思うところが。 intel、hyper threading(以下HT)を復活させたけど、HTをonにしたら、トータルでの性能が落…
今までのよりメモリが載ったPCクラスタを使いだした。メモリがあるから、ということで、1nodeで処理するjobの数を増やしてみた。 ...ノードでtop取ってみたら、数秒に一回io waitかかりまくってcpu usageがあまり上がらないorz やっぱIO大事だなー、と思った…
xfs with lvm + nfs on centos xfsがカーネルスタックを使いすぎて、lvmやnfsと組み合わせて使えないから、redhatがbaseから外している、という話を聞く。 ...ウチのnfsサーバ、何でまともに動いてるんだろう...カーネルスタック大きくしたカーネルに入れ替…
今使ってるクラスタのGridEngineをAPI経由で呼んだ場合の挙動がなんかおかしいっぽい。 状況 1.某パイプラインの実行時にuseSGE=Tureを付けて呼んだ場合 2.某パイプラインの旧バージョンに含まれるmapperを、drmma4rubyを含むrakeから呼んだ場合 結果 投入jo…
ということで、rubyの本を引っ張りだしてきてる今日この頃。
しばらく前(http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100104/1262622890) lapackをatlas使ってコンパイルし直しても、あまり早くならない、という話があるので、普通にlapack+atlas入れて、その後でpython+numpy(+scipy+matplotlib)、Rを入れるということで考え…
前回(http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100409/1270830584)、 CentOS4環境には、わざわざ探さない限りcairoは入ってない＞＜ cairoをソースから入れようとして、ちゃんとドキュメント読まなくて挫折。 で。 yum search か何かで調べたところ、evolution28…
中核の汎用コアで、コードの多くを実行して、一部のコードをサブコアにダウンロードするという発想と見られるからだ。もしかすると、SCEも、そうした方向へと軌道修正を考え始めたのかもしれない。だとしたら、その方向性は、PCのCPUが向かっている方向と、…
先日リリースしたコードの内部版に、さらにでかいdataを喰わせて見たところ、処理に1週間ほど掛かってしまう事が判明。パイプラインの次の処理をするperlスクリプトに至っては、メモリを使い果たして落ちてしまった。 で、どこで時間喰ってるか調べようとし…
どんなmoduleにたずねたらいいんだろ。 処理に使ってるマシンに共通に入ってるのは、XML::TreePP。 $tpp -> parse($file); とかやったときに、おかしいxmlを食わせるといきなり落ちてしまう... どうしたらいいのかちょっと調べんといかん＞＜
英語版のXPにサクラエディタ入れようとしたら、インストーラー文字化け＋エラーで落ちる、バイナリそのままだとメニュー等々の文字化けがひどい。 ...このあたり、いまやwindowsが一番遅れた環境になってしまってる気がするw 実際のところ、どうなんでしょう…
windowsの方は端末+excelマシンなのでdiskが足りなかろうがあまり気にしてなかったのだけど、workstationの方のdisk usageを見て驚いた。いつの間にか0.5Tをほとんど使い切ってたんだヲレ＞＜
調べてるうちに、resource description frameworkがやっとちょっとだけ判った気がする。 rdf自体がoverheadだと思うのだけど、その上rdfsがあるわけか。ちょっと複雑すぎると思う、さすがに。この辺り、meta dataの扱いに詳しい人にそのうち聞く機会があれば…
rdfみたいに一般的なtagに属性をつけるのか、アノテーションをそのままタグにするのか tagにせよannotationにせよ、terminologyをどうするか って辺りを、データを渡す当の相手に聞いてみた。 彼としては、アノテーションをそのままタグにしてもらったほうが…
今まで内部でhtmlで見せていたplot等々を内部システムにimport出来るように、ということで、xmlを求められた。で、あれこれ見ていてわかんないのが、 rdfみたいに一般的なtagに属性をつけるのか、アノテーションをそのままタグにするのか tagにせよannotatio…
キーワードがyahooブリーフケースにあったのだけど、どこに移動したんやろ＞＜ python用の書式設定ファイル探したいのだが＞＜ 移転先 SakuraEditorWikiらしい。無事落とせた、と思いきや、登録してなかっただけで元から入ってた＞＜
某codeで、 f = open(inFile) line = f.readline() # skip header for line in sorted(f): line = line.strip() columns = line.split("\t") とかやったのだけど、このイテレータ対象のsortっていいな。 perlでこういうことやろうとすると、どうすればいいか…
昨日のエントリで 結構シーケンシングエラーが多いのよね... (中略) 一方でSNPがどんどん探されてきてるので、マルチマップの扱いが以前より難しくなってきてるのだなという感想を持っています。 というあたりをもう少し。マルチマップということはmappingさ…
某di-tag seqで、ゲノムの複数箇所にマップされる配列が頻出->tagを長くしよう、とか、某アレイのプローブがゲノムの複数箇所にマップされる->長いプローブのアレイを使おう、とか言う流れだと思ってたのだけど、ucscがゲノムにマッピングしたrefseqの一部で…
youtubeを見ようとして音が出ないのに気付く。また、手元の動画の再生もできない。 vlcをcongigureしてみたら、libmadが入ってないとの指摘が。 libmad/libmad-develをrpmで入れてみた。 configure: error: Could not find libavcodec or libavutil. Use --d…
GUIでは出来なかったが、コマンドラインでは2行で出来た / kept failed via gui, but succeeded via terminal with 2 commands as follows; sudo dvd+rw-format -force /dev/dvdrw sudo growisofs -Z /dev/dvdrw=CentOS-5.3-i386-bin-DVD.iso UbuntuとCentOS…
CentOSとUbuntuを交互に入れている今日この頃。 慣れてるCentOSを入れてみたら、何故だか1024*768解像度が出ないのでUbuntuに変えると、raidを組むメニューが出てこない。Ubuntuのalternative CDがいるということなのだが、一度なんか変な設定してしまったっ…
wikipediaにwikipedia:数値解析ソフトウェア と、wikipedia:数式処理システム があるけど、違いが良くわからない。なんでやろ。詳しい人、教えていただけたら幸いです。 とtwitterで呟いたら 数値計算と数式そのものの処理の違い、というお答えを頂いた。文…
perlのモジュールとかのファイルの最後に1;って付けなければいけないのが美しくないのがいやで、今までrequireしたことはなかったのだけど、ファイル丸呑みしてからevalするよりはrequireしたほうが楽なのに気付いた。 先入観強いヲレ--;
なのだけど、気になってることが1点。/ but here I have a question. apply()とか、内部的にmmxなりsseなり使ってるのだろうか? / within the R, will apply() or other vector function use mmx or sse? 倍精度ないから、無理ナンデスカ...? / or sse is no…
なんか違う気がしてた理由に、先日やっと気付いた。 ヲレにとってエディタはエディタで、エディタに環境を求めるのが違う気がしてたんだ。 それなら、emacs互換のエディタをlistインタプリタの中で動かさないと、なんか本末転倒に近いことが起きてる気がして…
