Re: xmlなtagの設計で悩みすぎる今日この頃
rdfみたいに一般的なtagに属性をつけるのか、アノテーションをそのままタグにするのか
tagにせよannotationにせよ、terminologyをどうするか
って辺りを、データを渡す当の相手に聞いてみた。
彼としては、アノテーションをそのままタグにしてもらったほうが速くていい、との事。了承する。そのタグのnamespaceは、ひとまずlocalなURLを識別子としておけばええやろ...
で、後者。
The Open Biomedical Ontologiesでいくつかontologyをダウンロードしてみてみるが、sequence ontology(so)にtss/tss_region/promoter/tag/cap*1などなと、いくつか使えそうなtagは出てくる。どれにするかという悩みがないわけでもないけど、まあソレはいい。
一方で、たとえば発現量とかnormalizeに関する言葉がsoには入ってなくて*2、eVOCを落としてみたのだけどイマイチ。この辺りで一度割り切って実装することにした。
で、ここまで書いてから
"Microarray experimental conditions"が使える気がする。見てみよう*3。
