subversionへ何とか移行しようとしているところ。はてなはgithubだったっけ... 「しようとしているところ」なのは、ひとつのプロジェクトの下にサブプロジェクトを作るようにするのかどうかとか、ちょっと色々決めかねているから。 とりあえずTortoiseSVN入…

城繁行さんのブログJoe's Laboが読めなくて気付いた。ってか、そこらの零細企業のサーバじゃないんやから、復旧しそうなものなのだが...*1 blogサービスはいっぱいあるけど... むかしnetのどっか片隅で「雨後のたけのこのようにblogサービスができつつある」…

Rubyのmatzさんが「ビューティフルコード」という内容で話をされる*1、ということで、いってきました。すでに詳しいレポが2009-02-07, 2009-02-07などなど上がっているので、感想的なものを中心に。 当然ながら、みなさんプログラマだった 私自身コードは書…

前からぽつぽつと気になってたネタ。 前置き 先に書いておくけど、リンク先の意見は、完全に正しいんだ。そして、ヲレはリンク先の方々なら、「こいつはダメだ」と即答される程度のプログラミングスキルしか持ってない。けど、その通りにした時に、タコ壷に…

blast結果を後処理してたのだけど、この途中で、クラスタのヘッドノードのload averageが時々凄く上がってしまう。そのときヘッドノードでactiveなのは、nfsdぐらいなもの。どぉやら、load averageの中身はIO wait。 今日は別のクラスタで、短い配列をマッピ…

eTocをみてて、ガンにおけるPPIのかく乱、とかいう論文がBMC.Sys.Biol.に出たのを見付けた。 論文自体は未読。 が、タイトルを見て考え込んでしまう。 このタイトルの事柄をまじめにやるなら、何を見たら(測定したら)出来るんだろう。 考えれば考えるほど分…

ターミナルとGUI ちらっとsqueak触ったせいか、コードを書いて、マウスで選択して、選択範囲だけ実行、というのが結構やり易いのがよくわかる。ヲレ的には、Rを学ぶならRgui使った方がしっくりくるかも。 統計英語がわからん!! 教えてくれる人がまだ帰宅して…

はてなRSS経由Cheer!HPCさんから。 iPhoneばっかり話題になってるけど、cellとOpteron混成システム"Roadrunner"が、LINPACKで1peta超えたらしい。ほぉ。 現時点でまとまった日本語情報は 各種大手ITメディア以外なら、 スラドのタレコミ文: http://slashdot.…

旧聞だけど、ついに日本でも。手を出してしまう悪寒。

検定する必要があるのだが、上司としては、カイ二乗検定でなく２項検定してほしいっぽい。 ところが、perlに2項検定のモジュールってないっぽい。 まあ、Rでやるか…

久しぶりにRを起動する。と、すっかり書き方忘れてた…。 あっちみたりこっち見たりして、かろうじて目的を達成する。 だって、localのRHEL3だとRcommanderがこけるとかいろいろあって、使う意思が減退してたんだもの… [ヲレのバカ]そのうえ せっかく買った"…

3.0になるらしい。今はまだBetaなので、ここからまだ機能が増えていく、らしい。

転写物のマッピングデータとして、ucscなデータ*1をMySQLに突っ込んでみたのだが。 …なんでall_mrnaテーブルとrefGeneテーブルのスキーマがあんなに違うんだー!!クエリ書きにくいじゃないか!!バカヤロー!! *1:ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg18…

先日まで、職場でblastしてたのだが、こんな事もあるのね、というのをいくつか。 1プロセス4Gでは足りない ある日出勤すると、クラスタのノードが死んでた。クラスタの管理者に聞くと、他のノードを再起動して来たところだと言う。あらあら、やっちまった。…

自分用にメモ。 QS21、発売してたんだね。 http://www-06.ibm.com/jp/government/hpc/campaign/ 値段も出てる。ふむふむ。 bio*なライブラリ使ったスクリプトがさくさく動くならうれしいのだけど、fixstarsとか見てると、さすがにそれは期待しすぎだなあ。 c…

以前、池田氏のblogエントリみて感想書いたのだが、そこで引用されてた牧野先生の所にいろいろ書いてある… 以前のエントリ；http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20071123 牧野先生のところ；http://grape.mtk.nao.ac.jp/~makino/articles/future_sc/note058.h…

液晶バックライトが点かない。 Back light does not tuned on. …昨日amazonで安いノートPCなんて見てたからか? is it caused by the seeing cheap notebook pc in amazon.com, last night? そういう事言うパソコンはMacだけだと思ってたのだが。 Only Mac sa…

perlのデバッガに、ptkdbというtkツールキットを使ったGUIデバッガがある。こいつがRHEL3でおかしいのは、RHEL3の出来が悪すぎるせいだと思っていた。 there are debugger named "Devel::ptkdb", using tk toolkit, as a GUI debugger of perl. sometimes th…

11/13に2chで評判のいいものを抜粋したけど、結局「Rで学ぶクラスタ解析」になった。最初に、最低限以下の事に絞ってRの書き方について書いてあるので、たまにRを使う人にはコレがよさ気。「The R Book」(日本人が書いてるほう)は古本で用意してるし「統計解…

Pen4Xeon3GHzで1日半かかって、Opteron2.4Ghzで30秒で終わるってどういうことよ。 Pen4Zeonなマシンは古い鳥が入ってるので、そのせいにちがいない… さらにJ師の協力で、sortコマンドが下手したらperlスクリプトよりも遅いことが判る。こんなん、ハードウェ…

でてきたけど、めんどくさくなったので一言にまとめます。 「中の人は、多分そんなにあほじゃない」

sortコマンドでtab区切りテキストを行うのは、id:dancing_infobioさんのエントリ/コメントにあるとおりctrl-vで出来るのだが、これってperlのsystemコマンドとかスクリプトの中からはどうやるんだろう。 …やってみたら出来たのだが… Pen4Xeon３GHzで1日半か…

2chで何冊かは語られていた。 46 ：１３２人目の素数さん：2006/10/04(水) 09:02:58 Amazon で入門書をあさってたら、ヨサゲなのを3っつほど見つけたんですけど、 どんなモンなんでしょ?読まれた方いらっしゃいます? 『データ解析環境「R」―定番フリーソフト…

最近はR言語本が「雨後のたけのこ」状態。どの本がいいのか判らんぞこれ。 ということで、何がいいのか教えて欲しい気分。 bioinformatics-jpに投げてみるのがいいかもしれない。

MAGI懐かしい。blue gene入れた後は、そっちをメインで使ってるのだと思ってましたが、core数がこれだけあってblue geneのコア数削られてると、そうも行かんのでしょうな。 以下思い出話ということで。 job管理システム 使いませんでした。それどころか、プ…

> 5 Abe, Shinzo これがダメな理由として、 > 5も悪くないが、csvデータなどではカンマが混乱のもとになる。 tabでええやん。タブ区切りテキストとか.tsvファイルとかいうけど。 エエカゲン、カンマ区切りやめようよぉ…カンマ区切りって、グローバルスタンダ…