Re: RAIDしてても、DiskIOはやっぱり大問題

blast結果を後処理してたのだけど、この途中で、クラスタのヘッドノードのload averageが時々凄く上がってしまう。そのときヘッドノードでactiveなのは、nfsdぐらいなもの。どぉやら、load averageの中身はIO wait。

今日は別のクラスタで、短い配列をマッピングしてた。このクラスタの各ノードにはquad core*2が乗っかっていて、全8ノードの内1ノードがヘッドノード、1ノードがraidの繋がったファイルサーバーという構成。ところが、このサーバに2job 16スレッド突っ込んだだけで、ファイルサーバのcpuを使い果たしてしまい、計算ノードのload averageが低いまま、という状態がしばしば起きてた模様。あいにく、各ノードの/tmpが早いわけでもなく、インデックスファイルの圧縮をサポートしてるソフトでもない。うーん、なんとかやりよう無いのかねぇ、と思う今日この頃。