今までのよりメモリが載ったPCクラスタを使いだした。メモリがあるから、ということで、1nodeで処理するjobの数を増やしてみた。 ...ノードでtop取ってみたら、数秒に一回io waitかかりまくってcpu usageがあまり上がらないorz やっぱIO大事だなー、と思った…

今使ってるクラスタのGridEngineをAPI経由で呼んだ場合の挙動がなんかおかしいっぽい。 状況 1.某パイプラインの実行時にuseSGE=Tureを付けて呼んだ場合 2.某パイプラインの旧バージョンに含まれるmapperを、drmma4rubyを含むrakeから呼んだ場合 結果 投入jo…

例によって例のごとくぐだぐだした前置き 以前 http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100211/ のエントリをあげましたが、「生命動態システム科学」シンポジウム 概要に行ってきたので、メモを最小限の編集でup。macbookの電池が怖かったので、macbookを眠ら…

しばらく前(http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20100104/1262622890) lapackをatlas使ってコンパイルし直しても、あまり早くならない、という話があるので、普通にlapack+atlas入れて、その後でpython+numpy(+scipy+matplotlib)、Rを入れるということで考え…

はてなRSS経由Cheer!HPCさんから。 iPhoneばっかり話題になってるけど、cellとOpteron混成システム"Roadrunner"が、LINPACKで1peta超えたらしい。ほぉ。 現時点でまとまった日本語情報は 各種大手ITメディア以外なら、 スラドのタレコミ文: http://slashdot.…

自分用にメモ。 QS21、発売してたんだね。 http://www-06.ibm.com/jp/government/hpc/campaign/ 値段も出てる。ふむふむ。 bio*なライブラリ使ったスクリプトがさくさく動くならうれしいのだけど、fixstarsとか見てると、さすがにそれは期待しすぎだなあ。 c…

以前、池田氏のblogエントリみて感想書いたのだが、そこで引用されてた牧野先生の所にいろいろ書いてある… 以前のエントリ；http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20071123 牧野先生のところ；http://grape.mtk.nao.ac.jp/~makino/articles/future_sc/note058.h…