central dogma; genome, transcript, protein, metabolite epigenome 肝臓と心臓では、ベンチ入りしてるメンバーが違う 下がダイナミック(ぇ?) 計測機器 シーケンサー、chip, MS トランスクリプトーム 相対定量と絶対定量 標準物質をうまく入れればいい GATA…
細胞機能を再構成・設計する 20世紀最大の発明 CPU Cell 時間の分子生物学 不可逆性 反復性 不可逆性 単純から複雑への時間の矢 記憶・学習・気分 反復 体内時計 中枢時計と末梢時計 ルシフェラーゼな動画 同調と細胞間相互作用 体内時計の３つの性質 振動 …
ちなみに二日目の参加予定はありません... 100208 申し込んだつもりが 最後の登録ボタンを押し忘れてたっぽく、申し込みしたつもりなのに登録確認メールも何もこなかった。申し込み閉め切ってるのを見て「登録されてますかー」「登録されてませんねー、当日…
lapackをatlas使ってコンパイルし直しても、あまり早くならない、という話があるので、普通にlapack+atlas入れて、その後でpython+numpy(+scipy+matplotlib)、Rを入れるということで考えよう。 rpmのblas は、lapackから作ってるので、足りない関数があるら…
職場サーバーの環境考察の一部としてatlas入れて、Ratlasとpython-numpy-atlasって考えたけど、ちょっと考えが変わってきた。で、upする前にメモってたらどんどん変化してきてて、ひとまずメモった分をごそっと貼り付ける。 CUBLAS + LAPACK 当分むりぽ。だ…
ちなみにプロファイリングの結果は予想通りで、codeのupdateはできるものの、速度はあまり上がりそうではない。どーしたもんかなー。 (from http://d.hatena.ne.jp/bak_a_mono/20091026/1256527857) いろいろ試す中で、numpyで計算できることはnumpyで計算し…
先日リリースしたコードの内部版に、さらにでかいdataを喰わせて見たところ、処理に1週間ほど掛かってしまう事が判明。パイプラインの次の処理をするperlスクリプトに至っては、メモリを使い果たして落ちてしまった。 で、どこで時間喰ってるか調べようとし…
どんなmoduleにたずねたらいいんだろ。 処理に使ってるマシンに共通に入ってるのは、XML::TreePP。 $tpp -> parse($file); とかやったときに、おかしいxmlを食わせるといきなり落ちてしまう... どうしたらいいのかちょっと調べんといかん＞＜
英語版のXPにサクラエディタ入れようとしたら、インストーラー文字化け＋エラーで落ちる、バイナリそのままだとメニュー等々の文字化けがひどい。 ...このあたり、いまやwindowsが一番遅れた環境になってしまってる気がするw 実際のところ、どうなんでしょう…
windowsの方は端末+excelマシンなのでdiskが足りなかろうがあまり気にしてなかったのだけど、workstationの方のdisk usageを見て驚いた。いつの間にか0.5Tをほとんど使い切ってたんだヲレ＞＜
調べてるうちに、resource description frameworkがやっとちょっとだけ判った気がする。 rdf自体がoverheadだと思うのだけど、その上rdfsがあるわけか。ちょっと複雑すぎると思う、さすがに。この辺り、meta dataの扱いに詳しい人にそのうち聞く機会があれば…
もうでてたのか*1。サーバに突っ込んだRはspearmanのバグを考えて2.7.2にしてたのだが、これにXMLパッケージを入れようとして入らなかったのはそのせい...? *1:TLでみたような記憶もあるw
CPANだと、perl -MCPAN -e shellした後でi /statistics::basic/とかして探すけど、cranだとどうやるんだろ。 用例に良く出てくるのは、パッケージが決まってる場合だからな...
おいおい＞＜、頼れる人がいっぱいいるのに、なんでよ＞＜
id:dakiyamaさんのエントリ「http://d.hatena.ne.jp/dakiyama/20081002/1222927184」から。 Rからhtml出力 １）xtableパッケージのxtable関数を使う方法 ２）annotateパッケージのhtmlpage関数を使う方法 ３）hwriteパッケージを使う方法 その他にもRにはR2H…
rdfみたいに一般的なtagに属性をつけるのか、アノテーションをそのままタグにするのか tagにせよannotationにせよ、terminologyをどうするか って辺りを、データを渡す当の相手に聞いてみた。 彼としては、アノテーションをそのままタグにしてもらったほうが…
今まで内部でhtmlで見せていたplot等々を内部システムにimport出来るように、ということで、xmlを求められた。で、あれこれ見ていてわかんないのが、 rdfみたいに一般的なtagに属性をつけるのか、アノテーションをそのままタグにするのか tagにせよannotatio…
キーワードがyahooブリーフケースにあったのだけど、どこに移動したんやろ＞＜ python用の書式設定ファイル探したいのだが＞＜ 移転先 SakuraEditorWikiらしい。無事落とせた、と思いきや、登録してなかっただけで元から入ってた＞＜
どう書く.orgに、ヘッダ付きのtsvファイルのソートというお題が上がっていたっぽい。参考にしよう。ということで登録した＞doukaku.org せっかく買ったんだし、みんpyもやらんとなぁ。 投稿したもの これ。 同じお題のperl これなんだけど、こんな感じ。 pri…
いっぽう、某コードのうｐには気付く人が少ないっぽい*1。acceptまでは黙っててもええやろうとは思う。 *1:某師は気付いてても黙ってそうだけどw
某codeで、 f = open(inFile) line = f.readline() # skip header for line in sorted(f): line = line.strip() columns = line.split("\t") とかやったのだけど、このイテレータ対象のsortっていいな。 perlでこういうことやろうとすると、どうすればいいか…
例によって例のごとく、NBOnlineから。この「http://business.nikkeibp.co.jp/article/manage/20090514/194715/」はいい記事。ブクマはヲレが初みたいだが、こういう記事こそ注目されていいと思うYO＞はてな村*1 アフリカで、「資源は呪い」と言われる。それ…
神戸は学校を休みにしたらしいが、学校だけでなく日本全体が部分的に緩めたほうがいいのかも。満員電車なんか感染者拡大に最適だもの。某所で聞いた尻Pのつぶやき*1を思い出しながら。 *1:♪パンデミックあげーるよー(like ロマンテックあげるよ
昨日のエントリで 結構シーケンシングエラーが多いのよね... (中略) 一方でSNPがどんどん探されてきてるので、マルチマップの扱いが以前より難しくなってきてるのだなという感想を持っています。 というあたりをもう少し。マルチマップということはmappingさ…
某di-tag seqで、ゲノムの複数箇所にマップされる配列が頻出->tagを長くしよう、とか、某アレイのプローブがゲノムの複数箇所にマップされる->長いプローブのアレイを使おう、とか言う流れだと思ってたのだけど、ucscがゲノムにマッピングしたrefseqの一部で…
今更の議論、10年以上に学生やってた時点で、日本に期待できない、と思っていた。それどころかŠO‚±‚à‚è - Google 検索の存在自体が「日本と決別する人々」を如実に示してるのは前から明らかだ。 なので海外で勉強して働こう | On Off and Beyond を見たとき…
youtubeを見ようとして音が出ないのに気付く。また、手元の動画の再生もできない。 vlcをcongigureしてみたら、libmadが入ってないとの指摘が。 libmad/libmad-develをrpmで入れてみた。 configure: error: Could not find libavcodec or libavutil. Use --d…
GUIでは出来なかったが、コマンドラインでは2行で出来た / kept failed via gui, but succeeded via terminal with 2 commands as follows; sudo dvd+rw-format -force /dev/dvdrw sudo growisofs -Z /dev/dvdrw=CentOS-5.3-i386-bin-DVD.iso UbuntuとCentOS…
CentOSとUbuntuを交互に入れている今日この頃。 慣れてるCentOSを入れてみたら、何故だか1024*768解像度が出ないのでUbuntuに変えると、raidを組むメニューが出てこない。Ubuntuのalternative CDがいるということなのだが、一度なんか変な設定してしまったっ…
wikipediaにwikipedia:数値解析ソフトウェア と、wikipedia:数式処理システム があるけど、違いが良くわからない。なんでやろ。詳しい人、教えていただけたら幸いです。 とtwitterで呟いたら 数値計算と数式そのものの処理の違い、というお答えを頂いた。文…
