『先端計測分析機器で探るゲノムの働き方:定量オーミクスへの挑戦』伊藤 隆司(東京大学)

central dogma;

  • genome, transcript, protein, metabolite
  • epigenome
  • 肝臓と心臓では、ベンチ入りしてるメンバーが違う
  • 下がダイナミック(ぇ?)

計測機器

トランスクリプトーム

  • 相対定量と絶対定量
  • 標準物質をうまく入れればいい

GATAC-PCR

相対定量を絶対定量

  • yeastで5000個要る!
  • genome自体が物差しに!

ゲノムDNAシグナルによるcDNAシグナルの補正

定量性を上げることで分かったこと

  • 直線性
  • 細胞内にあるmRNAのコピー数

他にも分かったこと

  • TSSをベクターキャップ法で
  • バリアント、開始点バリアント、ncRNA, 新規TU
  • GIS-PET
  • CF-GIS-PET
  • ノイズかどうか?

転写容量(転写されて出来るRNAの総量)を縮減

  • 9割落としても死なない!
  • ncRNAの転写の落ち方が大きい!

TATAboxのあるものが弱い

なんか突っ込んで、転写してくれる? (枯草菌に納豆菌のゲノム突っ込んだ奴の転写はこんな素直に行かんかった記憶が...)

  • してくれる...!
    • CVIから株の分与を受ける

ゲノムは転写されてしまうものか

転写ノイズは、むだかどうか

  • BSC4

MSによるトランスクリプトーム

  • 人工標準物質
  • 階層的PCS-MS
  • mRNAとタンパクの絶対量比較
  • 解糖系の定量

サイクリン-Cdk複合体の動態解析

計測の重要性

QA

  • 酵母だとそういうことがあった、ヒトだと...?
    • mRNAとゲノムの関係がlinearかどうかに問題が。
  • ノイズの役割と解釈(ueda)
    • そこまで見れてない // むしろ板谷先生の話とのつながりが気になるな...