『マウス亜種間ゲノム分化を利用した複合形質の遺伝解剖』城石 俊彦（国立遺伝学研究所）
マウス亜種の地理的分布
- マウスと栽培小麦は、三日月地帯から分布したと考えられてる
- 日本の野生マウスは、ハイブリッドらしい
亜種分化と純系の樹立
- C57BL/6JとMSM/Ms
MSM/Ms
- F90!
- MSM/Ms系統のwhole genome
- SNP detection
- coverrage 99%
result
- 11M SNP
- 131 genes in non-sense mutation in MSM CDS
- 健康に死んでいる遺伝子が5%ほどある!
機能解析
- 形態分化が顕著
- 表現系の違い <-> ゲノム多型
- constmic strain
コンソミック系統
- 染色体を別の系統に置換、それをごそっとやる
- F10ぐらいで違う染色体のホモに
- 完成した
何が出来るか
- 遺伝学、遺伝学的解剖、遺伝的要素を分解する
体の大きさ、量的形質の遺伝解剖
- ワイルドタイプの標本を見比べると....
- 東アジアのマウスが小さい
- 野生由来マウス系統の体重
result
- 体重の増加曲線
- 染色体が一本かわるだけで、半分近くまで行く
- 3, 4, 2abで効果が150%まで言ってしまう!
- パン用小麦、麺用小麦の分布に似ている?
- 体重差を規定する主要遺伝子が、chr2, 3, 4にある...?
加齢、環境要因を考慮した表現系解析
-
- 加齢依存性の脂肪蓄積の遺伝解剖
- 10週はよく似ている
- 25週になるとだいぶ違う
高脂肪食の影響
対糖能、インシュリン濃度
- 血糖が下がらないコンソミックも
原因遺伝子を探索してみた
- LOD値がすごく高い
遺伝的相互作用
- どちらの系統の計測値から大きく外れるケースが見られる!
- 思ったより、相互作用は多い!
- 複合形質!
- GWASだけでは足りない!!!
close
- 表現系DB
- phenomap
QA
- ヒトのエピスタシスは大事そう。死んでる遺伝子のうちに、嗅覚の遺伝子は?
- ちょっと出てこない
- 寒いところに居るもの、という話とは?
- 体の大きさより、東西の大きさの差の方がずっと大きい
-
- 拡散した時点で、遺伝的な分化は既に起こっていたのではw
- mutation rate, この数字はどれ位の大きさ
- かなり早い
- B6 水頭症が多いときくけど、三島は?
- ない。コンソミックに関してもデータはない
