(パネル討論：生命の動的理解に向けたアクションプラン)パート1：計測・実験と理論・計算を接続した研究の推進

提言のまとめ

  • パネル1: 研究課題の科学的な検討
  • パネル2: 推進体制の提言

座長から

  • 局面突破について

from ueda, quo vadis?

  • 細胞の上下の階層；組織、分子
  • 計測から情報へ
  • 流れは明確ではない
  • この点について
    • 逆転させてみては
    • 邪道かも知れないが、本質を掴みやすいかも知れない
    • 構成的or合成的
    • 作る事に関して、まだ出来ていないところはいろいろある
      • 論理、時計、分子、翻訳、膜
    • 作るのを王道に位置づけられる活動がいいのかなと。

近藤, 生物学におけるシミュレーション、特に麹の現象の場合の問題点

  • 発生とか
    • 多因子多細胞時間空間階層
  • 愚直にやっても上手く行かない
    • 数式の数、素過程の不明性、空間、有効数字低い、複雑な式なら何だって再現できる
  • モデル化=省略
    • 反応拡散方程式から、ありとあらゆるパターンが出てくる
  • モデリングの問題点
    • 上手くまとめれない＞＜

澤井; 細胞間シグナルから自己組織化する時空間パターン

  • 社会性アメーバ(細胞粘菌)
  • 一細胞と集団の動態の同時観察
    • 200個なら理解できる、ただし数理的理解
  • 生命動態=
    • 非平衡にある複雑な系の構造、でいいのではないか
    • 自己組織化、でも不思議；起源、複製、階層性
    • 古典的機会論に基づいた生命観の限界

杉田；予測する生命科学の実現に向けて

  • タンパク構造シミュレーション
  • マルチスケールシミュレーション
    • この辺りは分子科学的アプローチなんだなと。
    • マルチスケールシミュレーションにはまだ何か飛躍が要りそう

from 原田、 物質細胞統合システム拠点

  • 細胞の中はどんな世界なのか興味がある
    • どうして4factorsでipsになるのか、どうしてならない奴がいるのか
      • 計測で
    • 細胞内の温度分布
    • タンパク構造のダイナミズム
    • 細胞内の水分子

パネル開始

  • モデレータから＞近藤; チューリングモデルは分かってるけど、理解したいのはなにか＞
  • 物によって分かる所まで行ってしまいたい、チューリングモデルは一般化できるし...
  • (U)モデルって結構間違えるよね.. 仕組みでやってるのではなくて変な酵素だった、というのがあるのでw
  • モデルの抽象性によるw
  • 抽象的には正しいのだけど、全く役に立たないかのうせいがあるw
  • 偏微分方程式でかけるもの、どこまで書くべきか 線形近似できるならいいけど...
  • モデレータ＞澤井先生 何を見たくて何を分かりたいか
  • 階層を超えた事を見れるし、測定量とつなげられそう、秩序形成を定量定性的にみたい
  • 物理の人が好きなのは粘菌なのはなんでw
  • イメージング出来るし、弄りやすいw 参入障壁が低い
  • 生命科学の人が見てる美しさの裏にも物理的な美しさがあるはず
  • 簡単な系の人がやるべきなのは、取り出し方を見せること
  • 試作を考えると...
  • どちらの分野の人がやるか
  • チャレンジは？モデレータ＞杉田、原田
  • 構造とかダイナミクスを見るのは大事だと思ってるんだけど...
  • 面白いと思う事をやりたい；メソッドを開発するのは好きなので。DNA origamiとかの遊びも好きなので、テクノロジーをどんどん進めたい?
  • 上田さんに＜モデレータ
  • 時間を理解したい；繰り返す時間と不可逆的な時間　物理で言うのとは違う不可逆的な時間に興味が、作って設計通り動いたら
  • 設計、
  • 作るプロセスから技に?
  • 作るプロセスへのコメントは?＞おおる
  • うちのやってるのとこの作る、は、かさなるのかなと＜近藤; どこまでやったら
  • 理解でも作るのでも、分かる、が今までの分かったとは違うのでは、苦しむでしょうねw mol biolになかった分かるになる。構成するのは分かりやすい「分かった」だし、構成されたのが生ものな現象なら特に。
  • 明確な質問があればね、問題が漠然としてない場合はいいけど
  • (何が構成原理になるの、ホントにチューリングモデル?)
  • 見たい現象にもよるのでは
  • 何を見たいかによってモデルを変えないと。モデラーがすぐ近くに居ないと、計算力は無意味になる
  • 何が人やラボを接着するの?
  • シチュエーションやあった人によるのでは。粘菌は土ならどこにでも居るけどわかってないし。細菌に対するコミュニケーションとか
  • 作るという話に。計算機の中に単純な物を作る、けど、元が複雑な物を使ってる実験系と話が違ってくる、だんだんにリアルにして行こう
  • 分子を設計するという話は
  • 一つ屋根の下で、というのは起きてる。
  • 面白いコメントがあったので投げてみたい＜モデレータ
  • 作る、どこまでの機能を持てばいいのか
  • 微生物の人は、増えないと、という。工学の人は増えなくても動いてればいい。質問によるのでは。
  • レスポンスする.
  • レスポンスは内部表現で良いかな。
  • 振る舞いが同じでもメカニズムが違うケースは?w
  • 検証で分かるのでは
  • もひとつのコメント投げます＜モデレータ
  • 揺らいでるのに大きくなるとロバスト。スケールもまちまち。アプローチの仕方は?
  • 時間のモデル系だと、少数のタンパク質に帰着できそうで、作れる位まで見て行きたい。探索も見てみたい。
  • 構造安定性につながるメカニズムを見たい。
  • シグナルを最初に出す、発火の揺らぎ、両方のスケールを見れる系を使ってアプローチしたい
  • エナジー的なところからアプローチしたい
  • 由来はどこなんでしょう?
  • 由来はむずかしい
  • 熱揺らぎなの?
  • 積極的に揺らがしているケースがあるかどうか。
  • 突き詰めるメソドロジーがない、哲学にも関わる。
  • バネ常数、がすごくでかくなる、まだ知らない事がいっぱいある